En sciences, le questionnement, la formulation d’hypothèses, l’expérimentation, la discussion, la formalisation, la trace écrite, sont systématiquement mis en oeuvre et permettent un enseignement dynamique dont les élèves sont les principaux acteurs. C’est le principe du programme La Main à la Pâte mis en place dans le primaire.
Également conçu sous la direction de Georges Charpak, le programme IQS (Itinéraires de Questionnement Scientifique) enseigné au collège repose sur trois piliers: le questionnement scientifique, le raisonnement et l’expérimentation, l’histoire des sciences et des scientifiques. L’enseignement se fait à partir du questionnement et utilise le Problem-based learning. Il intègre la physique, la chimie, les sciences de la vie et de la terre et la technologie.